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세무법인 글로비

정기 세무조사 실무 대응법

통지서 받은 날부터 종결까지

정기 세무조사를 성공적으로 마치는 실무 대응 전략 [3편: 대응 전략과 실무]

2026.06.14

정기 세무조사를 성공적으로 마치는 실무 대응 전략 [3편: 대응 전략과 실무] 1편에서는 정기 세무조사의 구조를, 2편에서는 법인이 맞닥뜨리는 리스크를 살펴봤습니다. 이번 편에서는 사전통지서를 받은 이후 실제로 실행해야 할 대응 전략과 실무 조치를 정리합니다. <1단계: 통지서 수령 즉시 해야 할 일> 사전통지서를 받으면 가장 먼저 조사 유형, 대상 세목, 조사 기간을 확인합니다. 조사 기간에 해당하는 장부와 계좌이체 내역을 즉시 취합합니다. 세무대리인과 함께 취약점 점검을 시작합니다. 혼자 준비하려는 시도는 대부분 상황을 어렵게 만듭니다. 조사 경험이 있는 전문가의 시각이 준비 방향을 결정합니다. 통지 후 20일이라는 준비 기간을 최대한 활용해야 합니다. <2단계: 장부와 증빙 자료 점검> 조사 기간의 세무조정계산서, 법인세 신고서, 부가가치세 신고서를 검토합니다. 주요 지출 항목의 증빙이 갖춰져 있는지 확인합니다. 접대비, 법인카드 지출, 출장비를 중심으로 점검합니다. 누락된 증빙이 있으면 가능한 범위에서 보완합니다. 보완 불가능한 경우 소명 논리를 미리 준비합니다. 자진 수정신고가 가능한 항목은 조사 착수 전에 정정합니다. <3단계: 계좌이체 내역 정리> 조사 기간의 모든 계좌이체 내역을 목적별로 분류합니다. 대표자 개인 계좌와 법인 계좌 간 이체 내역을 별도로 정리합니다. 이체 목적이 불분명한 항목을 미리 파악하고 소명 자료를 준비합니다. 소명이 어려운 이체는 세무대리인과 대응 방향을 협의합니다. 계좌 분리 원칙을 이번 기회에 정립합니다. 이후 동일한 문제가 반복되지 않도록 관리 체계를 개선합니다. <4단계: 조사 중 소명 전략> 조사관의 질문에는 성실하고 구체적으로 답변합니다. 사전에 세무대리인과 조율한 답변 방향을 유지합니다. 모르는 사항은 확인 후 답변하겠다고 하고, 추측으로 답변하는 것을 피합니다. 요청 자료는 기한 내에 성실히 제출합니다. 기한 내 제출이 어려우면 연장 요청을 사전에 합니다. 협조적 태도가 조사 기간과 범위에 영향을 미칩니다. <5단계: 과세 예고 이후 불복 검토> 조사 결과에 이의가 있으면 과세전적부심사를 청구합니다. 과세 예고 후 30일 이내가 기한입니다. 불복 여부와 방향은 세무대리인과 즉시 협의합니다. 불복 단계에서는 조사 과정에서 축적한 자료와 소명 기록이 핵심 근거가 됩니다. 이의신청, 심사청구, 조세심판원 순으로 절차를 진행합니다. 각 단계별 기한을 반드시 지켜야 합니다. <평소 관리가 조사 결과를 바꾼다> 정기 세무조사에서의 결과는 평소 관리 수준이 결정합니다. 장부 기장을 정확히 유지하고, 증빙을 5년간 보관합니다. 분기 단위로 세무대리인과 장부를 함께 점검합니다. 현금영수증 발행, 계좌 분리 운용, 접대비 명세서 작성을 지속적으로 실천합니다. 통지를 받기 전에 이미 준비가 되어 있는 상태가 가장 유리한 조건입니다. 세무조사는 대응보다 예방이 효과적입니다. 자주 묻는 질문 Q. 정기 세무조사 유예 신청은 어떻게 하나요? A. 조사 시작 전에 세무서에 유예 신청을 할 수 있습니다. 사유와 기한 요건을 확인해야 합니다. Q. 조사 중 자진 신고는 가산세 감면이 되나요? A. 조사 착수 후에는 자진 신고 효과가 제한됩니다. 착수 전에 하는 것이 유리합니다. Q. 세무조정계산서에 오류가 있으면 어떻게 하나요? A. 조사 착수 전이라면 수정신고로 정정합니다. 조사 중 발견되면 적극적으로 소명합니다. Q. 조사관이 개인 계좌를 요청하면 제출해야 하나요? A. 법적으로는 제출 거부도 가능하지만, 거부가 의심을 키울 수 있습니다. 전문가와 협의 후 결정합니다. Q. 과세전적부심사 청구 후 결과는 언제 나오나요? A. 청구일로부터 30일 이내에 결과가 통보됩니다. Q. 정기 세무조사 후 다음 조사는 언제 오나요? A. 조사 결과와 법인 규모에 따라 다음 주기가 결정됩니다. 문제가 없으면 일반 주기가 적용됩니다. ## 도움이 필요하신가요? 세무조사, 혼자 고민하지 마세요. 전문가와 상담하시면 마음이 한결 가벼워집니다. **긴급 문의: 010-2300-8107**